Respiratorni trakt – gornji disajni putevi
- Materijal iz nosa: Bris navlažen sterilnim fiziološkim rastvorom uvodi se u nozdrvu, na oko 2 cm dubine i rotira se po nazalnoj sluznici tako da bris sa svin strana bude natopljen. Blje je uzimati bris uz nosni spekulum, ispod i iznad donje i gornje nosne školjke, vodeći računa da ne dođe do kontaminacije normalnom florom atrijuma. Bris se odmah vraća u epruvetu, koja se zapušava i po mogućnosti odmah šalje, da ne bi došlo do sušenja i uginuća osetljivih bakterija. Može da stoji do 2 sata na sobnoj temperaturi.
- Materijal iz ždrela: Pritisnuti jezik špatulom i sterilnim brisom preći preko zadnjeg zida ždrela, tonzila i inflamiranih delova. Uzima se materijal sa promenjenih mesta, vodeći računa da se ne kontaminira normalnom florom usne šupljine. Transport do 2 sata na sobnoj temperaturi.
- Materijal iz usne duplje: Prvim brisom prikupiti oralnu sekreciju ili ostatke sa površine lezije i bris odbaciti. Drugim brisom uzeti uzorak sa lezije izbegavajući polja normalnog tkiva. Transport do dva sata na sobnoj temperaturi.
- Materijal iz nazofarinsksa: Specijalni bris, sa savitljivim nosačem, tanka i elastična žica sa malom količinom vate na prednjem kraju uvodi se kroz nos u zadnji nazofarinks uz pomoć nosnog spekuluma. Bris se gura pažljivo dok se ne oseti otpor. Rotirati bris oko 5 sec da se pokupi sekrecija i pažljivo ga izvaditi da ne bi došlo do kontaminacije. Bris odmah zasejati na podloge ili ga staviti u transportni medijum. Zasejane podloge mogu stajati na sobnoj temperaturi do 15 minuta, a bris što kraće.
Mikroorganizmi koji se najčešće izoluju iz gornjeg respiratornog trakta su:
- Staphylococcus aureus
- Streptococcus pyogenes
- Streptococcus pneumoniae
- Haemophilus infuenzae
- Klebsiella pneumoniae

Respiratorni trakt – donji disajni putevi
- Sputum: Ujutro, pre jela, nakon isiranja usta vodom, uputiti pacijenta da duboko kašlje, da bi se dobio zaista uzorak iz donjih partija respiratornog trakta. Uzorak uzeti direktno u sterilnu posudu. Bitan je nalaz deskvamiranih epitelnih ćelija i polimorfonukleara u preparatu iz sputuma, kao dokaz da nije u pitanju saliva. Transport do 2 sata na sobnoj temperaturi.
- Bronhoalveolarni ispirak, aspirat traheje: Uzeti više od 1ml aspirata ili ispirka u odvodnu cev bronhoskopa i staviti u sterilnu posudu sa fiziološkim rastvorom. Transport do 2 sata na sobnoj temperaturi.
Najčešće izolovani mikroorganizmi iz donjih respiratornih puteva:
- Streptococcus pneumoniae
- Klebsiella pneumoniae
- Mycobacterium tuberculosis