Danas se ravnopravno koriste dve osnovne podele bakterijskih vakcina. Prema hronološki gledano starijoj podeli, razlikujemo žive i mrtve bakterijske vakcine. Žive vakcine podrazumevaju unos živih, ali atenusianih bakterija kojima je na različite načine smanjena virulencija, a zadržana sposobnost umnožavanja i imunogenosti. Mrtve bakterijske vakcine mogu biti celoćelijske i komponentne ili subjedinične. Celoćelijske podrazumevaju unos celih mrtvih bakterijskih ćelija, a komponentne unos delova bakterijske ćelije, odnosno pojedinačnih bakterijskih antigena. U pitanju su proteinski, uključujući i toksioide bakterijskih toksina, i polisaharidni antigeni. Kada su u pitanju polisaharidni antigeni, razlikuju se polisaharidne vakcine, u čiji sastav ulazi samo polisaharid, i konjugovane vakcine, u čiji sastav ulazi polisaharidni antigen vezan za proteinski nosač. Drugi sistem klasifikacije bakterijskih vakcina ustanovljen je u odnosu na to da li se kao vakcina daje cela bakterija ili njeni pojedinačni antigeni. Prema tome, ova podela razlikuje celoćelijske vakcine, žive ili mrtve, i komponentne vakcine. Ako sumiramo ova dva sistema klasifikacije, kao bakterijska vakcina može se dati živa atenuisana bakterija, mrtva cela bakterija i pojedinačni bakterijski antigeni.
