S obzirom na masovnu primenu vakcina i činjenicu da se vakcine koje su deo obaveznog programa imunizacije daju celokupnim populacijama, bezbednost bakterijskih, kao i svih ostalih vakcina, jeste problem od velikog značaja. Pojava neželjenih reakcija prati primenu praktično svih vakcina, a njihova težina je u širokom opsegu od veoma blagih do veoma ozbiljnih. Mogu biti lokalne ili sistemske, a prema patogenezi svrstavaju se u četiri osnovne kategorije:
- neželjene reakcije koje nastaju kao rezultat inflamacije;
- neželjene reakcije živih vakcina po tipu infekcije;
- reakcije preosetrljivosti;
- idiosinkratične reakcije nejasne etiologije, a epidemiološki povezane sa vakcinacijom.
Najčešći tip neželjenih reakcija su blage lokalne inflamatorne reakcije koje mogu pratiti primenu svake vakcine koja se daje parenteralnim putem. Treba imati na umu da je problem neželjenih reakcija koje prate vakcinaciju često u javnosti predimenzioniran. Uopšte uzev, kada se bezbednost vakcina razmatra kao faktor koji može da utiče na sprovođenje sistemskog programa imunizacije, uvek treba imati na umu neuporedivo značajnije korisne efekte vakcinacije. Sve vakcine koje ulaze u obavezan program imunizacije smatraju se zadovoljavajuće bezbednim, pri čemu je za sve bolesti obuhvaćene sistemskim programima imunizacije, sa izuzetkom tuberkuloze, u različitim populacijama registrovana redukcija obolevanja od 95% do 100%.